O ISEL conta atualmente com unidades de investigação e desenvolvimento em diferentes áreas do conhecimento que possibilitam uma pronta resposta aos mais diversos desafios da sua empresa e da sociedade. 

• CCISEL - Centro de Cálculo

• CEDET - Centro de Estudos e Desenvolvimento de Electrónica e Telecomunicações

• CEEC - Centro de Estudos de Engenharia Civil

• CEEI - Centro de Electrotecnia e Electrónica Industrial

• CEEM - Centro de Estudos de Engenharia Mecânica

• CEEQ - Centro de Estudos de Engenharia Química

• CF - Centro de Física

• CIC - Centro de Instrumentação e Controlo

• CIEQB - Centro de Investigação de Engenharia Química e Biotecnologia

• CIMOSM – Centro de Investigação em Modelação e Optimização de Sistemas Multifuncionais

• CIPROMEC - Centro de Investigação e Projecto em Controlo e Aplicação de Máquinas Eléctricas

• CM - Centro de Matemática

• GIAMOS - Grupo de Investigação Aplicada em Microelectrónica, Optoelectrónica e Sensores

• GIATSI - Grupo de Investigação Aplicada em Tecnologias e Sistemas de Informação

• GIEST - Grupo de Investigação em Electrónica de Sistemas e de Telecomunicações

• GIA2P2 - Grupo de Investigação em Aplicações Avançadas de Potência Pulsada

• GiSE - Grupo de Investigação em Sistemas de Energia

• GuIAA - Grupo de Investigação em Ambientes Autónomos

• GRC - Grupo de Redes de Comunicação

• FIT - Future Internet Technologies 

• LCEC - Low Carbon Energy Conversion R&D Group

• M2A - Grupo de Multimédia e Aprendizagem Automática

• UnIRE - Unit for Innovation and Research in Engineering