Seminário de Física
Título: Engenharia de algoritmos para biologia computacional
Orador: Cátia Vaz (DEETC/ISEL)
Abstract:
A produção de dados em larga escala, como aqueles que resultam da análise de populações bacterianas na indústria, e a complexidade dos procedimentos de análise na bioinformática e biologia computacional têm colocado inúmeros desafios à engenharia informática em geral, e à engenharia de algoritmos e de integração de sistemas em particular.
Ultrapassar estes desafios é essencial para o desenvolvimento de ferramentas eficientes e escaláveis. Neste seminário veremos alguns exemplos de problemas e soluções encontradas para a análise de dados de filogenia em larga escala. Começaremos com uma breve introdução à engenharia de algoritmos e às fases inerentes ao processo de análise e desenvolvimento. Discutiremos de seguida alguns exemplos em que a caracterização do problema computacional e a escolha criteriosa dos algoritmos e das estruturas de dados a utilizar, assim como a sua implementação e avaliação experimental, permitiram desenvolver ferramentas inovadoras e capazes de responder aos desafios que nos foram colocados. Veremos ainda como é que estas ferramentas são utilizadas na prática e discutiremos alguns desafios a nível da integração das mesmas em fluxos de trabalho para a análise massiva de dados.
