Título: Engenharia de algoritmos para biologia computacional

Orador: Cátia Vaz (DEETC/ISEL, INESC-ID - Information and Decision Support Systems Lab)

Abstract:

A produção de dados em larga escala, como aqueles que resultam da análise de populações bacterianas na indústria, e a complexidade dos procedimentos de análise na bioinformática e biologia computacional, têm colocado inúmeros desafios à engenharia informática em geral, e à engenharia de algoritmos e de integração de sistemas em particular. Ultrapassar estes desafios é essencial para o desenvolvimento de ferramentas eficientes e escaláveis.

Neste seminário, veremos alguns exemplos de problemas e de soluções encontradas para a análise de dados de filogenia em larga escala. Começaremos com uma breve introdução à engenharia de algoritmos e às fases inerentes ao processo de análise e desenvolvimento. Discutiremos, de seguida, alguns exemplos em que a caracterização do problema computacional e a escolha criteriosa dos algoritmos e das estruturas de dados a utilizar, assim como a sua implementação e avaliação experimental, permitiram desenvolver ferramentas inovadoras e capazes de responder aos desafios que nos foram colocados. Veremos ainda como é que estas ferramentas são utilizadas na prática e discutiremos alguns desafios a nível da integração das mesmas em fluxos de trabalho.

Neste seminário, iremos ainda ver alguns dos projetos em curso, que vão desde a engenharia de algoritmos e do desenvolvimento de ferramentas Web até à utilização de redes neuronais profundas, em particular GNNs, e à sua otimização para o processamento massivo de dados em ambiente HPC.