A matemática é um dos alicerces fundamentais dos profissionais que o mercado de trabalhos tanto necessita e que o ISEL tem capacidade de formar, os quais, para além de uma sólida formação nesta área, possuem capacidades efetivas na sua aplicação a problemas concretos. O Departamento de Matemática (DM) mune os alunos do ISEL com conceitos e métodos matemáticos indubitavelmente necessários ao desenvolvimento técnico-científico de muitas áreas da nossa sociedade, tais como engenharias e ciências naturais, medicina, economia e finanças ou ciências sociais.

O Departamento de Física (DF) é responsável pelo ensino de graduação e pós-graduação na área científica de Física de diferentes cursos de Engenharia do ISEL, visando munir os seus alunos de uma sólida formação em Física e de um sentido crítico apurado, cientificamente sustentado. A transmissão de conhecimentos teóricos fomentada pelo DF está alicerçada numa forte componente experimental, destinada a desenvolver a capacidade técnico-científica dos alunos de engenharia.

O Departamento de Engenharia Química (DEQ) está presente na vanguarda do desenvolvimento tecnológico. Acompanhando o estado-da-arte, o DEQ fomenta a transmissão de conhecimentos em áreas essenciais ao progresso da nossa sociedade, tais como, entre outras, engenharia química, biológica, biomédica, qualidade e ambiente ou ainda com contributos importantes para o sector das indústrias farmacêutica e alimentar. 

O Departamento de Engenharia Eletrónica e Telecomunicações e de Computadores (DEETC) cria e transmite conhecimentos em conformidade com o estado-da-arte nas áreas da engenharia de eletrónica e telecomunicações e de computadores, conhecimentos essenciais e necessários no desenvolvimento de uma sociedade cada vez mais digital. 

O Departamento de Engenharia Eletrotécnica de Energia e Automação (DEEEA) promove a transmissão de conhecimentos na área da Engenharia Eletrotécnica e domínios do conhecimento afins, visando a incessante procura pela inovação e desenvolvimento em áreas emergentes a nível global, tais como o desenvolvimento de energias alternativas e automatização industrial.